在工厂自动化或计算机集成过程控制系统中，为了分散危险和分散功能，采用分散综合的控制系统结构。可编程控制器是分散的自治控制系统，它可以作为下位机完成分散的控制功能，与直接数字计算机的集中控制比较有质的飞跃。这种递阶控制系统也是分散控制系统的基础。
可编程控制器按扫描方式工作，分散控制系统按用户程序的指令工作。因此，可编程控制器对每个采样点的采样速度是相同的，而分散控制系统中，可根据被检测对象的特采用不同的采样速度，例如，流量点的采样速度是1S，温度点的采样速度是20S等。此外，在分散控制系统中，可以设置多级中断优先级，而可编程控制器通常不设置中断方式。
存储器容量上，可编程控制器所需运算大多是逻辑运算，因此，所需存储器容量较小，而分散控制系统需进行大量数字运算，存储器容量大。运算速度方面，模拟量运算速度可以较慢，而开关量运算需要较快的速度。抗干扰和运算精度方面，两者也有所不同，例如，开关量的抗干扰较模拟量的的抗干扰要强，模拟量的运算精度要求较高等。
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